COVID 19 : LES VARIANTS EN QUESTIONS

COVID 19 : LES VARIANTS EN QUESTIONS
Catégorie : Actualité scientifique et médicale

Alors que le recours à la vaccination semblait devoir améliorer les perspectives d'évolution de la pandémie, l'émergence récente de variants suscite de nouvelles inquiétudes et questions chez nos patients auxquels nous tentons de répondre le plus simplement et le plus clairement possible :

  • L'apparition de variants est-elle inquiétante : Elle est normale car tous les virus ont une tendance naturelle à muter (plus ou moins, le SARS Cov 2mutant "moyennement" pour un virus ARN). On considère que depuis le début de l'épidémie, il y a eu environ 80 000 génomes différents. toutefois les différences significatives ne concernent qu'environ 20 formes différents (émergence d'environ 2 variants "dominants" par mois)
  • Quels sont les variants actuellement dominants : Le virus actuellement prédominant (D614) en europe est arrivé de Chine en février 2020 et s'est maintenu jusqu'à la fin 2020. Il est actuellement "menacé" par 2 variants ayant émergé depuis Septembre 2020. Un variant britannique (VOC 202012/17), un sud-Africain(501 Y.V2) le challengent sévèrement et ont pris rapidement le dessus dans leus pays d'émergence respectifs et menacent de se propager dans les autres pays (le variant britannique est présent dans 60 pays et le sud-africain dans 20). Un variant brésilien à peu près comparable a été récemment identifié au Japon.
  • Qu'est-ce qui les rend plus dangereux que les autres? Ils ne donnent pas de formes plus graves. Par contre ils ont 2 particularités : Les mutations et autres changements de l'ADN se traduisent par des modifications fréquentes au niveau des acides aminés et des protéines (17 changements d'AA pour 23 mutations pour le variant anglais) alors qu'elles lsont e plus souvent "silencieuses" pour les variants mineurs. Surtout, ces modifications concernent le gène S codant pour la protéine de spicule et son domaine d'attachement au récepteur des cellules. Elles ont deux conséquences probables : un meilleur attachement et une meilleure pénétration du virus dans les cellules respiratoires. Il en découle une plus grande quantité de virus à ce niveau et une contagiosité plus importante des sujets porteurs et donc une transmission plus rapide qui prend le dessus sur les autres types de virus. Actuellement le variant anglais représenterait 1 à 2% en France des cas mais il pourrait être dominant en 3 mois environ.
  • Comment sont-ils apparus? La caractéristique énoncée ci-dessus de mutations non-silencieuses évoque un mécanisme d'adaptation qui est favorisé par une infection durable chez des sujets immuno-déprimés ou au cours de transmission inter-espèces (le vison est un candidat possible)
  • Est-ce qu'ils sont quand même diagnostiqués par les tests de laboratoire : La très grande majorité des trousses de PCR recherchent des cibles différentes et ces variants sont donc normalement retrouvés. Une trousse (Thermo Fisher) cible le gène S qui peut ne pas être retrouvée mais les 2 autres cibles permettent de "rattrapper" les positifs et même d'orienter vers un variant. Mais il est indispensable d'avoir recours à une technique de séquençage qui "lit" la totalité du génome pour le confirmer. Les tests rapides antigéniques sont peu efficaces et sont désormais interdits dans le cadre du contrôle des voyageurs.
  • Est-ce que l'immunité naturelle ou vaccinale est efficace contre ces variants? Ca semble être le cas pour le variant anglais qui serait neutralisé par les Ac de sujets immunisés naturellement ou par le vaccin à ARNm Pfizer BioNtech. Par contre des doutes sérieux sont émis pour le variant sud-Africain qui présente une mutation supplémentaire qui pourrait diminuer la reconnaissance par les Ac. Néanmoins, l'immunité ne repose pas uniquement sur les Ac et il est possible que les lymphocytes "tueurs" (par exemple) le reconnaissent et permettent de limiter l'infection.
  • Doit-on remettre en cause la politique de vaccination? Au contraire, il faut essayer de vacciner le maximum de personnes possibles avant que ces variations ou d'autres apparaissent. S'il est démontré que des variants échappent à la vaccination, il sera possible de modifier le code des vaccins à ARNm ou d'utiliser des vaccins plus traditionnels avec des cibles variées auxquelles pourra s'attaquer le système immunitaire en diminuant le risque de mutations ponctuelles.

Toutes ces questions (et d'autres) font l'objet de réponses "de bonne foi" mais cette infection nous démontre depuis un an qu'il faut rester humble et s'abstenir d'énoncer des certitudes catégoriques...

Jean-Michel Vialle (Labinterpret), Médecin Biologiste
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